艾灸的作用机理和针疗有相近之处，并且与针疗有相辅相成的治疗作用，它们既可以针、灸并用，又可以分开单独的技术。
艾灸是燃烧用艾叶做成的艾灸条, 将其置于体表穴位或特定部位之上，艾叶燃烧后产生的热能可以穿透体表到达经络, 与针灸一样，是通过激发经气的活动来调整人体紊乱的生理生化功能，从而达到防病治病目的的一种治疗方法。
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艾灸能够有效地刺激局部
正是艾灸燃烧后产生的温热刺激局部，使局部皮肤充血，毛细血管扩张，增强局部的血液循环与淋巴循环，缓解和消除平滑肌痉挛，使局部的皮肤组织代谢能力加强，促进炎症、粘连、渗出物、血肿等病理产物消散吸收。
艾灸还可引起大脑皮质抑制性物质的扩散，降低神经系统的兴奋性，发挥镇静、镇痛作用；同时温热作用还能促进药物的吸收。
艾灸能够实现经络调节
人是一个整体，五脏六腑、四肢百骸是互相协调的，这种相互协调关系，主要是靠经络的调节作用实现的。
在穴位上施灸时，影响其多层次的生理功能，在这种循环感应过程中，它们之间产生相互激发、相互协同、作用叠加的结果，导致了生理上的放大效应。
经络腧穴对药物的储存性腧穴具有储存药物的作用，药物的理化作用较长时间停留在腧穴或释放到全身，产生整体调节作用，使疾病得以治愈。
艾灸能够调节免疫
灸疗的许多治疗作用也是通过调节人体免疫功能实现的，这种作用具有双向调节的特性，即低者可以使之升高，高者可以使之降低，并且在病理状态下，这种调节作用更明显。
艾叶药理作用
艾叶苦辛，生温熟热，纯阳之性，能回垂绝之亡阳，通十二经，走三阴，理气血，逐寒湿，暖子宫，止诸血，温中开郁，调经安胎，……以之艾火，能透诸经而除百病。
通过艾燃烧发热来刺激局部来达到调节人体经络和免疫力，以及灸的同时吸收艾叶的药效，来祛湿邪、平气血、扶阳固脱、升阳举烟、拔毒泄热、防病保健、延年益寿。
艾灸原理的现代研究
现代研究表明，艾叶燃烧时产生的热量是一种十分有效并适用于机体治疗的物理因子红外线。根据物理学的原理, 任何物体都可以发射红外线和吸收红外线, 人体也不例外。
近红外线对人体的穿透深度最多可达到10mm, 并被机体吸收。艾叶燃烧时产生的辐射能谱是红外线, 近红外线占主要成分。
艾灸实于穴位上, 近红外线热能可以通过经络系统更好地将能量送至病灶。
近红外线可以激励人体穴位内生物分子的氢键,产生受激相干谐振吸收效应, 通过神经,体液系统传递人体细胞所需的能量。
艾灸时产生的红外线辐射可以为机体细胞的代谢活动, 免疫功能提供所必须的能量, 也能给缺乏能量的病态细胞提供活化能。
另外一项现代研究表明，艾燃烧生成物的甲醇提取物，有清除自由基作用，并且比未燃烧的艾的甲醇提取物作用更强。
施灸局部皮肤中过氧化脂质显著减少，此作用是艾的燃烧生成物所致。艾的燃烧不仅没有破坏其有效药物成分，反而使之有所增强。
艾燃烧生成物中的抗氧化物质，附着在穴位处皮肤上，通过灸热渗透进入体内而起作用的。
艾灸时的排病反应及注意事项
艾灸后体内的正气和病邪之气交战，人体会表现为各种各样的反应，称之为排病反应。比如有的患者治肝病，疗程中出现失眠、情绪起伏、爱生气等反应；有的患者治风湿，结果全身发冷，又打喷嚏又流鼻涕的，好像是感冒了。
病邪不会老老实实等着正气把他们消灭，它们会在经络里到处跑，所以治这儿的病，病邪可能在那里跑出来。
这是病邪找到了一个出口，我们看不见的“病”从那里被排出来了。其实排病反应就是病邪在别处找到了出口。
排病反应因人而异，根据我们的实际经验，一千个人灸后会有一千种反应。
大概归纳下有如下几大类，这些都是我们艾灸调理种经常遇到的：
1.灸后上火，表现为口干舌燥、牙龈红肿、头晕等，秋冬季艾灸更为易于上火。艾灸所擅长的是扶阳，灸后体内阴阳暂时被打破，阳气上延，即表现为上火的症状，一般为正常现象，是必须要告诉给您实灸的技师，使其可以根据病理反应调整施灸的方案。
2. 大多数是用温灸，也就是用悬灸、艾灸盒灸、艾灸罐灸、隔物灸。温灸舒服，穴位灸在0.5-1个小时左，一般只有百分之几的人会起泡。但是对于有些人，湿气重等，有病气要排除，可能会起泡。
3.灸时、灸后皮肤奇痒，开始灸出现这种情况说明寒邪在体表，有的是灸了一段时间出现的说明寒邪比较深，都是灸的有效果的表现，坚持灸即可缓解。
4.皮肤灸出花斑或红点，花斑的皮肤会红一块白一块，红点的可能带有痒的感觉。花斑的多见些，为体内寒湿重所致，一般灸段时间都会消失，消失的同时，体质大都能感觉到改善。
红点的大多是体内寒湿过重，大都是灸一段时间后才出的，出红点后，大都会逐步缓解。
5.灸后失眠或嗜睡，灸后失眠大多出现在艾灸的某个时段，大多是寒邪外排所致，有的会一休不眠，说不出的难受，之后，大都能感觉的已有问题的好转。
灸后嗜睡比较常见，灸后阴阳重新建立，体内正气和邪气会互相斗争，而睡眠可以提供一个很好的战场，有助于身体恢复。
6.灸后身体某个部位冒凉风，以脚心、腿上多见，也有头部的等，此为寒邪外排，说明灸的有效果了，坚持灸即可，大都可以缓解。
7.灸时、灸后屁增多，说明原来脾胃不好，现在灸的通畅了。
